Mustafa Çalışkan, 1968 yılında Nevşehir'de dünyaya geldi. İlk ve ortaokul eğitimini Kayseri'de tamamladıktan sonra 1983'te Ankara Polis Koleji sınavını kazanarak güvenlik kariyerinin temellerini attı. 1987'de Polis Akademisi'ne kabul edildi; dört yıl sonra, 1991'de mezun olarak İstanbul Emniyet Müdürlüğü'nde Komiser Yardımcısı unvanıyla göreve başladı.
Çok İlde Süren Kariyer Yolculuğu
Çalışkan, meslek hayatı boyunca İstanbul'un yanı sıra Yalova, Batman, Kırşehir, Sakarya ve Adana illerinde çeşitli görevler üstlendi. Uluslararası arenada da etkin biçimde yer aldı: 2001-2002 yılları arasında BM Polis Barış Gücü bünyesinde Doğu Timor'da, 2005-2006 yılları arasında ise Kosova'daki BM Polis Gücü'nde hizmet etti. Akademik gelişimini de ihmal etmeyen Çalışkan; Polis Koleji ve Polis Akademisi'nin ardından Adalet Meslek Yüksekokulu ile İstanbul Adli Tıp Enstitüsü'nde yüksek lisans tamamladı. Sakarya Üniversitesi Sosyal Bilimler Enstitüsü, Din Sosyolojisi Bilim Dalı'nda doktorasını bitirerek Dr. unvanını aldı. Yıkıcı ve bölücü örgütlerle mücadele, VIP koruma ile terörle mücadele alanlarında özel kurslar da gördü.
İstanbul Emniyet Müdürlüğü ve 15 Temmuz Gecesi
Ocak 2014'te İstanbul Emniyet Müdürlüğü emrine atanan Çalışkan, Haziran 2015'e dek Terörle Mücadele, Bomba İnceleme ve İmha ile Tanık Koruma Şube Müdürlüklerinden sorumlu Emniyet Müdür Yardımcısı olarak görev yaptı. Haziran 2015'te 1. Sınıf Emniyet Müdürü'ne terfi etti. Selami Altınok'un 28 Ağustos 2015'te İçişleri Bakanı olarak atanmasıyla boşalan İstanbul İl Emniyet Müdürlüğü koltuğuna önce vekaleten, 2 Eylül 2015'te ise asaleten getirildi.
15 Temmuz 2016 darbe girişiminde Boğaziçi Köprüsü'nün kapatıldığını telsizden öğrenen Çalışkan, iki korumasıyla bölgeye hareket etti. Köprüde darbeci askerler tarafından açılan ateş sonucunda koruması Münir Alkan şehit oldu, diğer polis memuru Mehmet Önay yaralandı; Çalışkan ise yara almadan bu saldırıyı atlattı ve akabinde gerçekleştirilen operasyonları bizzat koordine etti.
Emniyet Genel Müdür Yardımcılığı
Çalışkan, 16 Haziran 2020 tarihinde Emniyet Genel Müdür Yardımcılığı görevine atandı; İstanbul İl Emniyet Müdürlüğü'ndeki koltuğunu ise Zafer Aktaş'a devretti. İyi düzeyde İngilizce bilen Çalışkan, evli olup iki çocuk babasıdır.