Madra Çayı, Madra Dağı eteklerinden doğan ve Kuzey Ege sularına dökülen bir akarsudur. Balıkesir ile İzmir il sınırlarında, Madra Dağı kütlesi üzerinde yer alır. Akarsu, dağın güneybatı (GB) eteklerinden doğduktan sonra, kuş uçumu 45 kilometre mesafe kat ederek Ayvalık ilçesinin Altınova sınırlarında Ege Denizi'ne dökülmektedir.
Coğrafi ölçümlerine bakıldığında, Madra Çayı'nın havza genişliği 465 km² olup yıllık ortalama debisi 2.614 m³/sn düzeyindedir. Yatak eğimi %10 ile %20 arasında değişiklik gösteren akarsuyun ağı, dantiritik yapıdadır. Toplam uzunluğu kaynaklarda 65 km ve 66,5 km olarak belirtilen çayın suları, 8,1-8,9 pH değeri ile alkali karakter sergiler.
Madra Barajı
Madra Çayı üzerinde yer alan Madra Barajı, 79 metre yüksekliğe sahiptir. Bu baraj, çevredeki yerleşim yerleri ve bölge halkı için içme ve kullanma suyu temin edilmesi amacıyla kurulmuş olup, havzanın su yönetimi açısından büyük önem taşımaktadır.
Konumu ve Ağız Bölgesi
Akarsuyun denizle buluştuğu nokta olan ağız kısmı, Balıkesir'in Ayvalık ilçesine bağlı Altınova bölgesindedir. Madra Çayı'nın ağız rakımı 0 metre olarak ölçülmüştür. Akarsu, hem Balıkesir hem de İzmir il sınırları içinde yer alan geniş bir coğrafi kütleyi kapsamaktadır.