Can Arat, 21 Ocak 1984'te Kadıköy, İstanbul'da dünyaya geldi. Tüm futbol eğitimini Fenerbahçe altyapısında tamamlayan defans oyuncusu, kulübün PAF takımından profesyonel futbola uzanan bir kariyer grafiği çizdi ve bir dönem A Milli Takım kadrosunda da yer aldı.
Profesyonel Kariyerinin Başlangıcı
Arat'ın A takımıyla ilk tanışması, 2 Eylül 2001'deki Skoda Xanthi hazırlık maçına dayanır; o günkü karşılaşmada 44 dakika sahaya çıktı. 30 Ocak 2002'de Fenerbahçe ile dört yıllık profesyonel sözleşme imzaladı ve 15 Şubat 2002'de resmen kulübün profesyonel kadrosuna dahil oldu. 2002–2003 sezonunda hem PAF hem de A takım listesinde görülen oyuncu, 3 Mayıs 2003'te Turkcell Süper Lig'de Bursaspor deplasmanında A takımı adına ilk resmi maçına çıktı; o maçta 25 dakika forma giydi.
Kiralamalar ve Dönüş
5 Ocak 2004'te İkinci Lig A kategorisinde mücadele eden Karşıyakaspor'a kiralık olarak gönderildi. Aynı yılın 1 Ağustos'unda bu kez Sivasspor'a kiralandı ve liglerde sahne aldı. 2005–2006 sezonunun başında Fenerbahçe'ye geri dönen Arat, 7 Haziran 2006'da sarı-lacivertli kulüple üç yıllık yeni bir sözleşme daha imzaladı.
190 cm boyunda ve 82 kilogram ağırlığındaki sol ayaklı defans oyuncusu, Fenerbahçe'de 17 numaralı formayı giydi. Kariyeri boyunca kulübün altyapı sisteminin ne denli sistematik işlediğinin somut bir örneğini oluşturan Arat, genç yaşta Milli Takım kapısını aralayan oyuncular arasında yer aldı.