Fehmi Emre Güngör, 1 Ağustos 1984'te İstanbul'da dünyaya gözlerini açarak Türk futbolunun gelecekteki sağlam stoperlerinden biri olacağını henüz küçük yaşlarda müjdeledi. Yeşil sahalarla 11 yaşında Bakırköyspor altyapısında tanışan yetenekli isim, buradaki gelişimini hızla sürdürerek profesyonel arenaya adım attı. Savunmadaki duruşu ve oyun zekası sayesinde Süper Lig ekiplerinin dikkatini çekmesi ise çok uzun sürmedi. Henüz 17 yaşındayken Ankara temsilcisi MKE Ankaragücü'ne transfer olarak profesyonel futbol kariyerinde yeni bir sayfa açtı. Başkent ekibindeki bir buçuk sezonun ardından deneyim kazanması amacıyla Türk Telekom takımına geçici olarak gönderildi. İkinci Lig A Kategorisi'nde sergilediği bir buçuk yıllık mücadelenin ardından yeniden Ankaragücü'ne dönerek Süper Lig'de dört yıl boyunca istikrarlı bir grafik çizdi. Başkentte kaptanlık pazubandını da taktı.
Galatasaray Dönemi ve Sarı-Kırmızı Başarılar
MKE Ankaragücü formasıyla geçen son iki sezonda takım kaptanlığı görevini de üstlenen başarılı defans oyuncusu, 2007-2008 futbol sezonunun kış transfer döneminde Galatasaray kadrosuna dahil oldu. Sarı-kırmızı ekibe katıldığı dönemde, dünya çapında tanınan Rigobert Song'un Afrika Uluslar Kupası maçları nedeniyle takımdan uzak kalması Emre Güngör için büyük bir şans kapısı araladı. Kendisine sunulan bu fırsatı çok iyi değerlendiren yetenekli savunmacı, sarı-kırmızı takımın defans hattına kısa sürede uyum sağlamayı başardı.
Takip eden 2009-2010 sezonunda ise beklentilerin aksine sahada istediği kadar süre bulamadı. Bu durum, onun yeni bir kariyer planlaması yapmasına yol açtı. Nitekim 23 Haziran 2010 tarihinde, 2 milyon Türk Lirası karşılığında Gaziantepspor'a transfer olacağı spor kamuoyuna ilan edildi. Kırmızı-siyahlı ekipteki ilk yılında toplamda 26 resmi karşılaşmada forma giyerken, takımı adına bir kez de gol sevinci yaşadı.
Sonraki sezonda Gaziantepspor'un kaptanlık görevini devraldı. Genellikle Dany Nounkeu ile birlikte savunmanın merkezinde görev alan tecrübeli stoper, ligin ikinci yarısında özellikle eski takımı Galatasaray'a karşı yaptığı hataların ardından yedek kulübesine çekilmek durumunda kaldı. Bahsi geçen bu dönemde 34 lig maçının 18'inde şans bulurken, Avrupa arenasında da 4 UEFA Avrupa Ligi mücadelesinde boy gösterdi.
Farklı Renkler Altında Mücadele ve Milli Gurur
Gaziantep macerasının ardından kulüpten alacaklarını bırakarak serbest kalma hakkını alan Emre Güngör, adının pek çok kulüple anılmasına rağmen tercihini Antalyaspor'dan yana kullandı ve buraya transfer oldu. 2012-13 sezonu öncesinde gerçekleşen bu imzanın ardından Akdeniz ekibinde forma giyen oyuncu, 11 Temmuz 2014'te Karabükspor'a katıldı. Karabük ekibiyle Avrupa kupalarındaki ilk 4 maçta sahaya çıkan tecrübeli futbolcu, ardından Süper Lig mücadelelerinde de ter döktü. Ancak şanssız bir sakatlık yaşadı. İkinci devrenin açılış müsabakasında sakatlanarak sezonu erken kapatmak zorunda kalan Güngör, 7 Haziran 2015'te Eskişehirspor'a imza attı. Eskişehirspor forması altında beklenen oyunu sergilemekte zorlanan deneyimli savunmacı, kulüp yönetimiyle yaşadığı finansal anlaşmazlıklar neticesinde 2016 yılının haziran ayında sözleşmesini feshetti. Ardından 31 Ağustos 2016'da Bandırmaspor ile 1 yıllık mukavele imzalayarak kariyerinin son dönemine geçti. Başarılı stoper, profesyonel futbolculuk kariyerini Bandırmaspor formasıyla noktaladı.
Milli takım kariyerinde de önemli bir yere sahip olan Fehmi Emre Güngör, farklı yaş gruplarında toplam 61 defa ay-yıldızlı kadrolara davet edildi. A Milli Takım formasını terletirken attığı ilk ve tek golünü ise 3 Mart 2010 tarihinde oynanan Türkiye-Honduras hazırlık karşılaşmasında kaydetti. Bu anlamlı golde asisti yapan isim, Galatasaray'dan takım arkadaşı olan ünlü oyuncu Arda Turan'dı.
Oynadığı Kulüpler
- Bakırköyspor (Altyapı)
- MKE Ankaragücü
- Türk Telekom
- Galatasaray
- Gaziantepspor
- Antalyaspor
- Karabükspor
- Eskişehirspor
- Bandırmaspor